亚洲免费在线-亚洲免费在线播放-亚洲免费在线观看-亚洲免费在线观看视频-亚洲免费在线看-亚洲免费在线视频

python解析gff文件中的轉錄本

系統 2453 0

1.下載基因組注釋文件,選擇對應的版本:?ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ARCHIVE/BUILD.37.3/GFF/?

2.GTF 為General Transfer Format ,熟悉格式?http://www.huoyunjn.com/wuliuxinwen/2/33709819.htm。

第三列 feature ?- 后面start和end之間區域代表的特征,如果此區域是基因,則此處為gene,如果是外顯子,則為exon,如果是轉錄本,則為transcript,如果是非編碼RNA則為lncRNA,如果是重復序列,則為TE,等等,主要表明這一塊區域的特征。

3.每一個transcript對應的exon,所有長度加起來就是這個轉錄本的長度。與這個transcript后面的兩列相減是有差別的。

4.用python 字典來統計每個轉錄本的長度。

            
              import pandas as pd
import pdb
df = pd.read_table(r'C:\Users\guosheng\Desktop\out.gff',sep = '\t',header= None)
out=open('./out.txt','a')
df =df[df.iloc[:,2].str.contains('exon')]  #提取第三列為exon的行
df['diff'] =df.iloc[:,4]-df.iloc[:,3]+1 #每個外顯子的長度
name =  list(df.iloc[:,2])  #把data.frame中的一列轉換為list
des =list(df.iloc[:,8])
length = list(df['diff'])   
dic ={}      
for index,value in enumerate(name):
    key=des[index].split(';')[-1].split('=')[-1] #獲取每個轉錄本的名字
    old=0
    new=length[index]
    if dic.has_key(key):       #判斷這個key是否在原有的字典中
        old=dic[key]
        del(dic[key])
    dic[key]=int(old)+int(new)
#print dic
for tran in dic:
    out.write(tran+'\t'+str(dic[tran])+'\n')
out.flush()
out.close()

            
          

5.后續找出每個基因的所有轉錄本,用heapq庫找出最長的一個。庫用法https://blog.csdn.net/Cassiel60/article/details/88344137

同樣是解析這個文件,可以看出文件中的id是根據第三列進行編號的,沒有實際意義,只是可以看出共有多少個gene、exon、cds等。不過在第三列為gene時,Name=和Dbxref=GeneID: 與第四列為exon時,Dbxref=GeneID:和transcript_id=進行基因與轉錄本的正確匹配。可以在上面代碼中的字典加入Dbxref=,字典中一鍵對應多個值。

6.得到的兩個文件進行merge,就可以得到基因,轉錄本,長度的文件了。

?


更多文章、技術交流、商務合作、聯系博主

微信掃碼或搜索:z360901061

微信掃一掃加我為好友

QQ號聯系: 360901061

您的支持是博主寫作最大的動力,如果您喜歡我的文章,感覺我的文章對您有幫助,請用微信掃描下面二維碼支持博主2元、5元、10元、20元等您想捐的金額吧,狠狠點擊下面給點支持吧,站長非常感激您!手機微信長按不能支付解決辦法:請將微信支付二維碼保存到相冊,切換到微信,然后點擊微信右上角掃一掃功能,選擇支付二維碼完成支付。

【本文對您有幫助就好】

您的支持是博主寫作最大的動力,如果您喜歡我的文章,感覺我的文章對您有幫助,請用微信掃描上面二維碼支持博主2元、5元、10元、自定義金額等您想捐的金額吧,站長會非常 感謝您的哦!!!

發表我的評論
最新評論 總共0條評論
主站蜘蛛池模板: 久久99精品久久久久久国产越南 | 亚洲精品色播一区二区 | 国内色视频 | 国产精品第九页 | 亚洲精品区一区二区三区四 | 米奇精品一区二区三区 | 日韩在线观看视频网站 | 天然素人在线观看 | 能在线观看的一区二区三区 | 91福利在线免费观看 | 国产成人免费午夜性视频 | 成人在线日韩 | 午夜主播国产福利视频在线 | 级毛片久久久毛片精品毛片 | 亚洲欧美日本国产综合在线 | 激情综合五月 | 亚洲国产成人精彩精品 | 日韩视频二区 | 成人久久网站 | 亚洲va欧美 | 操美女的穴| 久久这里有 | 中文字幕在线视频不卡 | 精品久久久久久中文字幕女 | 日韩亚洲一区二区三区 | 91国内在线国内在线播放 | 五月婷在线 | 不卡中文字幕 | 中文字幕国产亚洲 | 中文字幕天天躁夜夜狠狠综合 | 成人中文字幕一区二区三区 | 最近中文2019视频在线 | 亚洲欧美日韩国产色另类 | www四虎影院 | a毛片免费看 | 深夜在线免费观看 | 久久水蜜桃 | 精品日本久久久久久久久久 | 免费国产a国产片高清不卡 免费国产阿v视频在线观看 | 国产视频不卡 | 九色 91 |